Особенностью Ту-204-300 стал килевой либо, как его еще называют, резервный топливный бак. Для машин с неполной заправкой горючим, летающих на средних линиях, он используется для получения более задних центровок и уменьшения, тем самым, аэродинамических потерь на балансировку. В варианте самолета для дальних линии горючее заливается, как в килевой, так и в дополнительные топливные баки. Поносный устанавливается вместо одного из контейнеров в заднем багажно-грузовом отсеке. В этом варианте растет и емкость системы водоснабжения. Кроме того, по требованию авиакомпании, возможно пребывать оборудовано место отдыха экипажа в конце пассажирского салона.